Возвращение Узумаки Наруто в Коноху было богато на события. Для начала его встретили старые друзья, которые ждали все эти два года и не пренебрегали тренировками, после чего стало известно о новом члене в команде Какаши – Сае. Тсунаде, не смотря на давление со стороны старейшин, все еще настаивает на своем, поддерживая Наруто, поэтому милует одного из известных нукэнинов – Учиху Саске, оставившего Скрытый Лист еще до прихода Пятой Хокаге. Узумаки Наруто, в свою очередь, обещает себе и друзьям вернуть непутевого друга обратно в селение, чего бы ему это ни стоило.
Но на этом не заканчиваются события. В Сунагакуре проникает представитель Акатсуки, нападает на селение и похищает ставшего не так давно Казекаге джинчуурики. Скрытый Песок просит поддержки со стороны Конохи, и Хокаге в этом не отказывает. Отправив команду Какаши и команду Гая на помощь, они, наконец, находят временное убежище преступной группировки, в котором их дожидаются двое представителей организации Рассвет. Битва Дейдары и Сасори заканчивается отступлением – слишком сильна поддержка Конохи, но старейшина Чие неожиданно для всех воскрешает Гаару ценой своей жизни.
Однако беда никогда не приходит одна. Учиха Саске после плодотворных тренировок наконец решает убить своего учителя и собрать команду. Смерть Орочимару и мятеж мстителя дали свои плоды – забитые камеры холодных тюрем опустили, и многие подопытные сбежали. Дав Учихе свободу и не желая вмешиваться в его освободительную миссию, Кабуто вскоре решает воскресить Саннина с помощью техники Распечатывания Зла, известной по литературе, что хранилась в убежище Змея.
Зная об опасности со стороны Акатсуки, Теруми Мей решается заключить мир с Деревней Скрытого Листа и навсегда стереть из истории упоминания о Кровавом Тумане. Вместе с этим в резиденцию лидера Киригакуре наведывается посыльный из Кумогакуре, дабы узнать подробную информацию о месте пребывания джинчуурики Шестихвостого. Однако Мизукаге прогоняет гонца, не желая делиться информацией.
А на убийстве своего наставника не останавливается и Учиха Саске. Он знает свою цель – кланоубийца и старший брат, предатель Конохи и тот, кого не должно существовать в этом мире. Сражение двух Учих вскоре состоялось, и Саске, казалось бы, наконец, убивает своего брата. За младшим Учихой приходит группа из Акатсуки, после чего мститель узнает «правду об Итачи», рассказанную Человеком в Маске. Но судьба распоряжается иначе – кланоубийца, так и не сумевший лишить своего брата Проклятой Печачи, все же оказывается спасенным отрядом Конохи. Оказав первую помощь нукэнину, старшего Учиху, едва живого, отправляют на допрос, на котором лично присутствует Хокаге, но ее визит заканчивается быстро очередной шокирующей новостью – Джирайя вернулся, и если ему не оказать незамедлительную медицинскую помощь, Саннин может погибнуть.
И правда, сразившись со своим учеником, Жабий Отшельник, казалось бы, побеждает, но когда на сцену битвы выходит козырь лидера Акатсуки, чаша весов перевешивает в противоположную сторону. Джирайе удается избежать смерти, и Пейн, зная об этом, получает приказ от Человека в Маске отправляться в Коноху, забрать Девятихвостого джинчуурики и удостовериться в смерти Итачи. Но вместе с этим обладатель Риннегана желает уничтожить своего учителя, показав ему настоящего Бога и мир Боли.
Оказавшись в селении Скрытого Листа, Пейн убивает не только пытавшегося ему противостоять Итачи, но и Жабьего Отшельника. Но когда пришло время забрать джинчуурики Кьюби, представительница из клана Хьюга смело бросилась защищать своего возлюбленного. Однако смириться и с этой потерей Узумаки Наруто не смог, и чакра сидящего в нем зверя хлынула наружу...
Добравшись до своего поверженного обидчика, джинчуурики предстал перед ним, уже имея ответ, который так жаждал Пейн. Встреча с Четвертым оказалась своеобразным бальзамом, и теперь Наруто знал то, что сможет поставить вторженца Акатсуки на место. После разговора с сыном Хокаге, Пейн меняет свое решение и воскрешает единственного погибшего - Учиху Итачи. Благодаря огромному запасу чакры Нагато остается жив. Умирающего Джирайю спасает появившееся Тсунаде, а Хината выживает лишь благодаря прекрасным навыкам Харуно Сакуры.
Пейн, Узумаки Нагато покидает Скрытый Лист, отправляясь в дождливую деревню для того, чтобы жить миром. Но Тоби жаждет Риннегана, и спокойствие в Скрытом Дожде явно продлится недолго.
Узнав о том, что Учиха Итачи может оказаться жив, Шимура Данзо решает действовать: лидеру Корня крайне невыгодно то, что кланоубийца может спокойно находиться в этом мире, поэтому он решает заключить союз с Акатсуки, который может одновременно помочь ему решить три проблемы: уничтожить Итачи, узнать слабости террористической организации, а также убить предателя – Учиху Саске.
Спасенный Хокаге, Джирайя продолжает восстанавливать свои силы. Но сидеть на месте Жабий Отшельник не привык. Именно поэтому он решает проверить слухи о том, что Орочимару, убитый Учихой Саске, все же жив.
В это же время Скрытый Песок решает проблемы, созданные неизвестным расхитителем могил. Неожиданно в Сунагакуре но Сато явился человек, который под покровом ночи раскапывает могилы великих шиноби, и также незаметно исчезает, как и появляется. Казекаге решает лично расследовать это дело, это происшествие деревня Скрытого Песка хранит в тайне и следит за тем, чтобы не распространялись слухи.
Но раз Пятый Казекаге занят делом о таинственном расхитителе, совет решает продолжить изучение биджуу, поэтому решает собирать важную литературу, которая может в этом помочь. И пусть селение Скрытого Песка лишилось своего Однохвостого зверя, старейшины не собираются останавливать свои исследования.
Деревня Скрытого Тумана, отказавшая Кумогакуре в информации о джинчуурики Шестихвостого, решает самолично найти Утакату и вернуть его в селение, не смотря на то, что он стал для селения нукэнином. Это позволит Киригакуре но Сато уберечь носителя Сайкена от террористической организации, затеявшей охоту за хвостатыми. Но это становится сложным по причине того, что в деревню Скрытого Тумана проникает убийца. Он совершает свои преступления незаметно и не оставляет свидетелей, поэтому никто не знает, кто является виновником стольких жертв. Теруме Мей крайне обеспокоена этими убийствами, но никто в Киригакуре еще не знает о том, что преступником является Момочи Забуза, таинственным образом воскрешенный к жизни вместе со своим помощником Хаку.
А Орочимару продолжает восстанавливать свои силы и скрываться от всего мира. Великий Саннин и его правая рука так и не смогли пресечь слухи о том, что один из Легендарной Троицы все же жив. Это заставило убийцу Третьего Хокаге действовать тихо, дабы не обратить на себя внимания других деревень, жаждущих смерти Великого Саннина.
В это же время Якуши Кабуто продолжает изучать техники, используя те исследования, которые хранятся в тайниках в убежище Орочимару. Одной из таких техник стала Эдо Тенсей, способная возродить мертвого ценой жертвы другого человека. Практикуя ее, медик воскрешает Забузу и Хаку, приказывая знаменитому мечнику Скрытого Тумана собирать ДНК сильнейших шиноби Киригакуре, а также оружие известных Семи Мечников. Но не только селение Скрытого Тумана оказывается втянуто в авантюру Кабуто: деревня Скрытого Песка также страдает от его действий, ведь никто иной, как помощник Орочимару, лично занимается сильнейшими шиноби Сунагакуре но Сато, расхищая их могилы.
Кумогакуре крайне обеспокоено поведением деревни Скрытого Тумана. Киригакуре не предоставило никаких сведений о том, где может находиться джинчуурики Шестихвостого, поэтому Райкаге, наращивая боевую мощь собственного селения, решает найти тех, кто может в скором времени стать жертвой Акатсуки – Рокуби и Исобу. Деревня Скрытого Облака уже потеряла одного джинчуурики, не сумев защитить Нии Югито, поэтому лишилась значительной части силы, и это не могло не заставить действовать Райкаге.
В свою очередь деревня Скрытого Камня, промышляя шпионажем на территории Скрытого Облака, узнает о планах этого довольно-таки опасного селения и решает действовать раньше, чем Кумогакуре. Ивагакуре но Сато лишилась всех своих джинчуурики, поэтому не может допустить, чтобы Скрытое Облако, все еще имея в своем распоряжении Восьмихвостого, добавила к нему Трехвостого и Шестихвостого.
Узумаки Нагато, вернувшись в селение Скрытого Дождя вместе с Учихой Итачи, понимает, насколько опасно бездействие, особенно если Мадара узнает о неудачной попытке Пейна захватить джинчуурики Кьюби. Это заставляет владельца Риннегана разрабатывать план действий против истинного лидера организации Акатсуки. Учиха Итачи помогает в этом Нагато, но вместе с тем, узнав, что его младший брат встал на пусть вместе с террористической организации, решает найти способ лишить Саске проклятой печати, раз и навсегда избавив его от контроля Орочимару, который оставил частицу своей чакры в метке на теле мстителя.
А у Учиха Обито появляются новые проблемы и новые решения. Он узнает о том, что Пейн потерпел поражение и воскресил Учиху Итачи, погибшего на поле брани. Эту информацию донес тайному лидеру Акатсуки Зетсу, незаметно проникнувший в деревню Скрытого Листа в то время, когда Пейн устроил охоту за Кьюби. Человеку в Маске требуется Риннеган, который долгое время принадлежал Узумаки Нагато, но он не может напасть на лидера Скрытого Дождя необдуманно, столкнувшись с грозными противниками в лице троих бывших членов террористической организации обладающих могущественной силой. В это же время Акатсуки не перестает охотится за биджу, имея в своем распоряжении лишь пятерых: Шукаку (Однохвостый), Мататаби (Двуххвостый), Сон Гоку (Четырёххвостый), Кокуоу (Пятихвостый) и Чоумея (Семихвостый).
В это же время Учиха Саске, узнав, насколько тяжело жилось его брату все это время, решает отомстить за Итачи, уничтожив всех тех, кто причинил кланоубийце столько боли. Саске желает уничтожить власть Конохи, которая заставила старшего Учиху перерезать весь клан, оставив в живых лишь младшего брата, слепо гоняющегося за убийцей, в то время как истинный виновник руководил селением и радовался процветанием.